Сергей Наумов в 1988 году окончил Саратовский государственный университет имени Н. Г. Чернышевского, в 1998 году — Саратовскую государственную академию права, в 2013 году — Российскую академию народного хозяйства и государственной службы при Президенте РФ. Имеет ученую степень доктора исторических наук и ученое звание профессора.
Много лет проработал в сфере высшего образования и на административных должностях в органах власти Саратова и Саратовской области. В разные годы преподавал в вузах своего региона, руководил Поволжской академией народного хозяйства и государственной службы имени П. А. Столыпина и Саратовским социально-экономическим институтом (филиалом) Российского экономического университета имени Г. В. Плеханова. Последнее место работы перед назначением — СГТУ имени Гагарина Ю. А.