В Российскую Национальную базу данных геномных последовательностей вируса SARS-CoV-2 VGARus загружено более 40 тысяч последовательностей SARS-CoV-2

В начале июня во исполнение Постановления №448 Правительства РФ в России была зарегистрирована Национальная база данных геномных последовательностей вируса SARS-CoV-2. Разработчиком этой программы и консолидирующим центром стал Центральный НИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора.

На 17 ноября 2021 г. в Национальную базу данных загружено 40.383 геномных последовательностей вируса SARS-CoV-2, в том числе более 19 тысяч полногеномных последовательностей и свыше 21 тысячи фрагментов генома S-белка (участок, позволяющий определять наиболее важные мутации). Для сравнения, в международную базу данных GISAID загружено только 9,5 тысячи полных геномов SARS-CoV-2 из России.

Такое существенное расширение российской базы данных стало возможным, благодаря активному участию в программе научных учреждений Роспотребнадзора, в первую очередь, ЦНИИ Эпидемиологии, ГНЦ ВБ «Вектор», ГНЦ Прикладной микробиологии и биотехнологии, НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера, Российский НИПЧИ «Микроб» и др.

Регулярное пополнение Национальной базы данных позволяет вести обширный мониторинг эпидемиологической ситуации в нашей стране, отслеживать появление новых геновариантов, контролировать их распространение и делать прогнозы на будущее.

Кроме того, данные, загруженные российской базой в международную базу GISAID, служат основой для изучения геновариантов, циркулирующих в России, для ученых всего мира. И таким образом дают более полное представление об эпидемиологической ситуации в нашей стране.

Также сотрудниками ЦНИИ Эпидемиологии был разработан алгоритм PARuS для анализа геномных последовательностей SARS-CoV-2. Разработанный алгоритм предназначен для коррекции и валидации результатов анализа, полученных с помощью международных классификаторов. В частности, применяемый во всём мире для классификации SARS-CoV-2 классификатор Pangolin в последнее время отличается нестабильностью в работе, это периодически приводит к ошибочной интерпретации данных секвенирования, что вызывает затруднения в динамических условиях меняющейся реальности, во время пандемии. PARuS позволяет производить классификацию по фрагменту S-белка, содержащему информацию о ключевых мутациях, характерных для генетических вариантов SARS-CoV-2, которые, согласно ВОЗ, подлежат специальному мониторингу.