Эмблема ФТС России представляет собой увенчанного коронами золотого двуглавого орла с поднятыми крыльями, грудь которого закрывает зеленый щит. На щите расположены перекрещенные золотые факел и кадуцей.

Знамя Федеральной таможенной службы состоит из двустороннего зеленого полотнища с каймой белого цвета. По всему периметру зеленого поля проходит золотистый плетеный орнамент в рамке этого же цвета. На лицевой стороне знамени, в центре полотна – главная фигура Государственного герба Российской Федерации: золотой двуглавый орел, поднявший вверх распущенные крылья.

На оборотной стороне знамени находится эмблема ФТС России.

Флаг ФТС России – зеленое прямоугольное полотнище с белым диагональным крестом.