Образовательное учреждение открылось в 1962 году в статусе школы-интерната для детей железнодорожников. В первый же год обучения в неё приехало более 400 учеников, чьи родители работали на маленьких станциях, в казармах и на разъездах Саратовского, Астраханского и Алгайского направлений. Получив аттестат, многие из них стали затем машинистами, путевыми рабочими и диспетчерами – как и их родители. Традиции преемственности железнодорожных профессий от родителей к детям сохраняются в учреждении и сегодня. В 1997 году школу-интернат преобразовали в гимназию-интернат, а с июня 2014 года она имеет статус частного образовательного учреждения «Лицей-интернат № 5 ОАО «РЖД».

Проектной документацией, получившей положительное заключение Саратовского филиала Главгосэкспертизы России, предусмотрено строительство утепленного одноэтажного надземного перехода между зданиями общежития и учебным корпусом лицея-интерната. Кроме того, в ходе реализации проекта здесь будет благоустроена территория, в том числе оборудована детская площадка, установлены малые архитектурные формы, проведено озеленение и выполнены иные необходимые работы.

Автомобильные проезды и пешеходные пути на территории лицея-интерната будут обустроены с учетом градостроительных требований к параметрам путей движения для людей с ограниченными физическими возможностями.

Продолжительность реконструкции, которую планируется проводить на средства ОАО «Российские железные дороги», составит чуть больше девяти месяцев.