Сразу после легендарного парада 7 ноября 1941 года на Красной площади, когда линия фронта проходила всего в нескольких десятках километров от города, группа работников эксплуатации канала Москва – Волга выдвинула неординарную идею: по мере приближения немцев открывать гидротехнические сооружения и сбрасывать воду, создавая тем самым серьезную преграду для техники и войск противника.

Открытый в 1937 году канал имел важнейшее стратегическое значение для жизнедеятельности столицы. В военное время он являлся важным оборонным рубежом, по каналу перевозились военные грузы. В то же время он подавал около 80% воды для водоснабжения города и обеспечивал электроэнергией часть региона.

С началом войны большинство работников канала ушло на фронт, но оставшийся персонал обеспечивал его полную эксплуатацию: население и промышленность Москвы и Подмосковья постоянно снабжались волжской водой, подаваемой по каналу, и электроэнергией, вырабатываемой его гидроэлектростанциями. Речной транспорт продолжал непрерывно перевозить военную технику, снаряжение, топливо, а позже и осуществлять эвакуацию населения и предприятий. Однако, с приближением линии фронта один из двух гидрогенераторов Иваньковской ГЭС и значительную часть оборудования с некоторых шлюзов пришлось демонтировать и вывезти в тыловые районы. В сентябре-октябре 1941 года на трассе канала возвели различные оборонительные сооружения: противотанковые рвы и заграждения, ДОТы, были вырыты километры окопов. И сам канал оказался серьезным препятствием на пути немцев. Сложная система гидротехнических сооружений и ряд водохранилищ создавали возможность искусственного затопления местности в районе трассы канала и превращения ее в труднопреодолимую водную преграду.

Немецкое наступление на Москву возобновилось в середине ноября 1941 года по трем основным направлениям; центральному — на г. Истру, южному — на Тулу и северному — на Клин-Дмитров. В результате наступления предполагалось охватить Москву в кольцо и, замкнув его, принудить к сдаче блокированный город.

Героическая оборона Тулы несколько задержала южную группировку противника и центр удара был перенесен на северное направление.

В двадцатых числах ноября противник, наступая от Калинина, начал форсирование Иваньковского водохранилища. Командование Западного фронта поставило вопрос о необходимости нарушить прочность ледяного покрова на водохранилище.

20 ноября работники Иваньковской ГЭС совместно с бойцами инженерных войск Западного фронта открыли щиты на плотине и начали интенсивный сброс воды. Сброс был начат утром и закончен в 24 часа 20-го ноября, причем максимальный расход был доведен до 2000 м3/сек.

Когда уровень воды в водохранилище упал на 2 метра, ледовый покров стал оседать и ломаться.

Войска и техника противника были вынуждены выбираться обратно на противоположный от Москвы берег и прекратить продвижение на этом участке.

23 ноября немецкие войска начали широким фронтом наступление на участке Клин — Рогачево — Дмитров. Командующий Западным фронтом Георгий Константинович Жуков отдал распоряжение о затоплении поймы рек Сестры и Яхромы. Инженеры канала и военные инженеры разработали схему работы гидротехнических сооружений, при которой за счёт воды канала был начат подъём воды в реке Сестре. Тем самым предстояло отсечь северо-западный подход к Каналу от Дубны до Дмитрова.

26-27 ноября передовые отряды немецких войск подошли к Яхроме. Трасса канала от Иваньковского водохранилища до станции Турист (южнее Яхромы) по существу, стала прифронтовой зоной.

В этой ситуации пришлось взорвать башни управления на третьем и четвертом шлюзах, чтобы немцы не смогли использовать канал и прилегающие к нему дороги в своих целях, также были взорваны железнодорожный мост между станциями Яхрома и Турист и автодорожный Рогачевский мост в Дмитрове. Гитлеровцам удалось ворваться в Яхрому и, используя сохранившийся шоссейный мост, перейти на левый берег канала. В это время работники канала, действуя вместе с военными в непосредственной близости от линии фронта, смогли, используя гидротехнические сооружения и оборудование, направить воду из канала в русла рек Сестры и Яхромы. Возглавлял группу начальник управления канала Дмитрий Филиппович Агафонов.

В результате интенсивного сброса воды из канала на реках Сестре и Яхроме был взломан ледовый покров, начался ледоход, а уровень в реках поднялся до четырех метров. Вода смывала переправы и заливала все пролегающие по этой территории дороги.

И хотя искусственно созданный паводок был сравним с высокими весенними паводками, свою задачу он выполнил – наступающим немцам пришлось терять драгоценное время для перегруппировки войск, техники и поиска доступных маршрутов для продвижения на юго-восток. Так, сотрудники канала внесли свой вклад в активную оборону Москвы, а затем и в успех контрнаступления Красной Армии против выдохшегося врага.

В Подмосковье еще шли бои, а инженеры и рабочие канала «Москва – Волга» уже приступили к его восстановлению: во время боевых действий пострадали шлюзы в районе Яхромы, заградительные ворота в Ореве, мосты, паромные переправы, трансформаторные подстанции, линии электропередач, линии связи, укрепляющие берега каменные насыпи и бетонные конструкции. Оставшаяся без подачи электроэнергии от Иваньковской ГЭС, московская энергосистема испытывала большой недостаток мощности. Сотрудники канала взамен недостающего эвакуированного оборудования гидростанции сумели приспособить другое и уже накануне 1942 года гидрогенератор был поставлен под нагрузку.

Сразу после отступления немцев начался ремонт механизмов повреждённых шлюзов.

В начале 1942 года стартовали работы по восстановлению мостов. В мае 1942 года они все были подняты из русла канала и освободили проход судов. Сквозное движение по каналу открылось 19 мая 1942 года, практически в обычные сроки начала навигации. Военная техника и другие грузы для фронта и столицы вновь пошли непрерывным потоком.

Также в марте 1942 неимоверными усилиями было доставлено из эвакуации тяжеловесное оборудование Иваньковской ГЭС и начался его монтаж. Для ускорения работ на станцию послали лучших специалистов со многих сооружений канала. 1 мая 1942 года электростанция заработала на полную мощность

Башни шлюза №3 пришлось отстраивать заново уже в 1943-1945 годах. Окончательная чистовая отделка была завершена в 1946 году.

Канал сыграл важную роль мощного оборонительного рубежа и тем самым вписал яркую страницу в историю победы советского народа в битве под Москвой. В память об этом на Перемиловских высотах под Дмитровом в 1966 году сооружен монумент воинской славы. Отсюда, с восточного берега канала в ночь с 5 на 6 декабря 1941 года войска 1-й ударной армии под командованием генерал-лейтенанта (впоследствии генерал-полковника и Героя Советского Союза) Кузнецова перешли в решительное наступление. Вскоре началось контрнаступление и остальных оборонявшихся армий Западного, Калининского и Юго-Западного фронтов, увенчавшееся первым стратегическим поражением вермахта в Великой Отечественной и всей Второй мировой войне.