Богоявленский собор был построен в 1756 году, и его приход до Октябрьской революции являлся одним из самых больших в Казани. В период с 1920-го года по 1935-й храм имел статус кафедрального собора Казанской епархии.

После того, как храм закрыли, здание использовалось в качестве складского помещения. В 50-х годах в здании располагался спортивный зал Казанского государственного университета. Вследствие этого собор сильно пострадал — росписи были уничтожены, а купола демонтированы.

В 1995 году Богоявленский собор включили в Перечень объектов исторического и культурного наследия федерального (общероссийского) значения, а в 1997-м передали Русской православной церкви. Тогда же в храме возобновилась богослужебная жизнь, сообщается на сайте Татарстанской митрополии.